home
***
CD-ROM
|
disk
|
FTP
|
other
***
search
/
CICA 1993 April
/
CICA MS Windows - April 1993.iso
/
unzipped
/
util
/
macaw103
/
pam250.scr
< prev
next >
Wrap
Text File
|
1991-07-30
|
3KB
|
57 lines
MacawScoreFile ::= {
version { major 1, minor 02 },
-- PAM-250 matrix modified from Dayhoff, Atlas of Protein Sequence
-- and Structure. Natl. Biomed. Res. Found., Washington DC, Vol. 5, Sup. 3.
scores {
title "PAM 250",
seq-type amino,
symbol-set "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY",
score-table {
{ 2,-2, 0, 0,-4, 1,-1,-2,-1,-2,-1, 0, 1, 0,-2, 1, 1, 0,-6,-3 },
{-2,12,-5,-5,-4,-3,-3,-2,-5,-6,-5,-4,-3,-5,-4, 0,-2,-2,-8, 0 },
{ 0,-5, 4, 3,-6, 1, 1,-2, 0,-4,-3, 2,-1, 2,-1, 0, 0,-2,-7,-4 },
{ 0,-5, 3, 4,-5, 0, 1,-2, 0,-3,-2, 1,-1, 2,-1, 0, 0,-2,-7,-4 },
{-4,-4,-6,-5, 9,-5,-2, 1,-5, 2, 0,-4,-5,-5,-4,-3,-3,-1, 0, 7 },
{ 1,-3, 1, 0,-5, 5,-2,-3,-2,-4,-3, 0,-1,-1,-3, 1, 0,-1,-7,-5 },
{-1,-3, 1, 1,-2,-2, 6,-2, 0,-2,-2, 2, 0, 3, 2,-1,-1,-2,-3, 0 },
{-2,-2,-2,-2, 1,-3,-2, 5,-2, 2, 2,-2,-2,-2,-2,-1, 0, 4,-5,-1 },
{-1,-5, 0, 0,-5,-2, 0,-2, 5,-3, 0, 1,-1, 1, 3, 0, 0,-2,-3,-4 },
{-2,-6,-4,-3, 2,-4,-2, 2,-3, 6, 4,-3,-3,-2,-3,-3,-2, 2,-2,-1 },
{-1,-5,-3,-2, 0,-3,-2, 2, 0, 4, 6,-2,-2,-1, 0,-2,-1, 2,-4,-2 },
{ 0,-4, 2, 1,-4, 0, 2,-2, 1,-3,-2, 2,-1, 1, 0, 1, 0,-2,-4,-2 },
{ 1,-3,-1,-1,-5,-1, 0,-2,-1,-3,-2,-1, 6, 0, 0, 1, 0,-1,-6,-5 },
{ 0,-5, 2, 2,-5,-1, 3,-2, 1,-2,-1, 1, 0, 4, 1,-1,-1,-2,-5,-4 },
{-2,-4,-1,-1,-4,-3, 2,-2, 3,-3, 0, 0, 0, 1, 6, 0,-1,-2, 2,-4 },
{ 1, 0, 0, 0,-3, 1,-1,-1, 0,-3,-2, 1, 1,-1, 0, 2, 1,-1,-2,-3 },
{ 1,-2, 0, 0,-3, 0,-1, 0, 0,-2,-1, 0, 0,-1,-1, 1, 3, 0,-5,-3 },
{ 0,-2,-2,-2,-1,-1,-2, 4,-2, 2, 2,-2,-1,-2,-2,-1, 0, 4,-6,-2 },
{-6,-8,-7,-7, 0,-7,-3,-5,-3,-2,-4,-4,-6,-5, 2,-2,-5,-6,17, 0 },
{-3, 0,-4,-4, 7,-5, 0,-1,-4,-1,-2,-2,-5,-4,-4,-3,-3,-2, 0,10 }
},
-- Statistical constants computed according to
-- Karlin & Altschul (1990). Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87, 2264-2268.
stats-table {
-- m lambda kappa --
{ 2, 0.2244, 0.0878 },
{ 3, 0.1784, 0.1066 },
{ 4, 0.1432, 0.0842 },
{ 5, 0.1163, 0.0585 },
{ 6, 0.0966, 0.0430 },
{ 7, 0.0821, 0.0340 },
{ 8, 0.0712, 0.0284 },
{ 9, 0.0627, 0.0246 },
{ 10, 0.0560, 0.0219 },
{ 11, 0.0506, 0.0198 },
{ 12, 0.0461, 0.0182 },
{ 13, 0.042, 0.017 }, -- estimated
{ 14, 0.039, 0.015 }, -- estimated
{ 15, 0.036, 0.014 }, -- estimated
{ 16, 0.034, 0.018 }} } -- estimated
}